环保部规划研究院副院长王金南建议，在开征环保税的基础上，对税制“绿色化”进行顶层设计。一是对使用者和消费者开征污染产品税，如能源燃料税、特种产品污染税、污染工艺产品税，如含化肥农药、含磷洗涤剂、一次性木质餐具、汞镉电池等；二是开征生态保护税，如自然保护区使用税等；三是扩围资源税，如新增淡水资源、森林资源、草地资源等税目，并调整煤炭、石油、天然气和黑色金属矿原矿的资源税率；四是水资源“费改税”，按水资源的稀缺性和污染情况采取差别税率。
中国人民大学环境学院院长马中在接受《经济参考报》记者采访时表示，对有的污染物而言，如铅、汞等高污染产品，由于监测难度大，直接在生产环节征税不一定是最佳的。若针对产生污染的产品征收消费税，将直接拉高产品价格，抑制消费，从而达到控制排污的效果。
许文表示，从改革经验看，“费改税”方案存在一定障碍。由于未来征收环保税会增加企业排污成本，加重企业负担，某些企业会提出异议，不过社会公众的期望相比企业的阻力而言更强一些。
许文建议，国家需要构建一个“大环保”体系，比如，对于某些特别严重的污染物，可能不再运用税收、绿色信贷或环境污染责任险等经济手段，而是运用行政命令手段进行调节。将上述手段综合起来，就构成一个国家整体的生态保护体系。
