不过，申瑞涛表示，涉企税费征缴目前还存在两大问题，需要进一步规范。首先是税务部门代征收费的问题。目前，税务部门代征的基金和收费项目有：教育费附加、地方教育附加、文化事业建设费、残疾人就业保障金、废弃电器电子产品处理基金、河道工程维护管理费、水资源费、工会经费等。

　　此外，税务部门还承担一些涉企收费、保证金等的监缴工作。税务部门受地方政府及有关部门委托代征收费，有利于方便、足额征缴收费，但负面影响也十分明显：一是混淆了税收与收费的关系，企业以为税务部门征收的都是税款，加重了企业税收负担重的主观感受;二是税务部门以税法赋予的权威性和对人身权、财产权的强制执行力代征收费，变相地将收费转变为税收，不利于国家法律的权威和统一;三是税务部门超越法律法规赋予的税收职责，接受其他部门委托从事非税业务，不符合职权法定、权责一致的原则，增加了执法风险。其次，她还认为，基金、收费征缴不够规范，统计口径不统一。

　　申瑞涛建议，我国应该进一步完善涉企收费征缴管理制度，对行政事业性收费和政府性基金的征收管理实行“统一管理、收缴分离”。各级政务大厅作为政府部门涉企收费的唯一收取窗口，对政府性基金、行政事业性收费与经营服务收费、中介服务收费、协会学会收费实行强制物理隔离，用制度规范实现“政府部门窗口之外无收费”。

　　同时，建立涉企收费综合信息平台系统，将涉企行政事业性收费和政府性基金项目、设立依据、缴费标准、执收单位、缴费单位、缴费金额等全部纳入信息平台管理，形成简洁透明、统一标准的基金和收费统计数据，为企业和社会各界交一本“明白账”，为进一步清费立税提供准确、详实的数据支持。

　　另外，还需进一步加大清费立税工作力度，明确税收与收费的界限，还原税收和收费的本来面目，将确需税务部门征收的基金或收费整合归并后，纳入税收征管范围;严格按照税法赋予的职责，将税务部门承担的委托代征、监缴等非税业务尽快剥离，移交其他有关部门负责。

　　进一步清理、整合和规范涉企行政事业性收费和政府性基金项目，对管理类、证照类、资源类涉企收费进行分类清理，取消政策效应不明显、政府财力可承担、不适应市场经济发展的政府性基金和收费，切实大幅度减少收费项目。